A falu első említése az írott forrásokban 1247-es keltezésű, amikor Roland nádor birtokába került. Pácinra pedig a középkorban ezután is jellemző volt, hogy földesurai a korabeli Magyarország legbefolyásosabb főnemesei közé tartoztak. 

Előbb Brankovics György szerb fejedelemuradalma lett, majd miután a szerb despota 1444-ben kiegyezett a török szultánnal, magyarországi birtokai – így többek között Pácin is – Hunyadi János kezére került, aki Magyarország kormányzója, a kor egyik legnagyobb hatalmú arisztokratája és legjelentősebb hadvezére volt.

Hunyadi 1456-ban Nándorfehérvárnál megállította a török seregeket, mintegy 70 évre megakadályozva ezzel az oszmán birodalom európai térhódítását, ám a csatát követő pestisjárványban odaveszett. Bár fiát, Mátyást 1458-ban királlyá koronázták, és a történelmi köztudat őt tartja minden idők egyik legsikeresebb magyar uralkodójának, 1459-ben a Hunyadi család észak-magyarországi birtokai a – szintén rendkívül befolyásos és gazdag – Szapolyaiak kezére került.

1526, az oszmán seregek győzelme Mohács mellett, majd az ország három részre szakadása Pácint sem hagyta érintetlenül, hiszen a település ugyan a csonka Magyar Királyság része maradt, az ország jelentős területeinek elvesztése a hazai birtokviszonyokat is felbolygatta. Azonban Pácin történetében az igazán jelentős változást az 1500-as évek vége hozta el, amikor 1560-ban előbb Alaghy János, majd rajta keresztül 1571-ben gyermekei gyámjának, Mágocsy Gáspárnak a tulajdonába került, aki a gyulai és az egri vár kapitányaként mutatott vitézségével, valamint gazdasági ügyességével óriási vagyont szerzett, életmódjával és udvartartásával pedig mintaként szolgált kora nemességének.

Mágocsy Gáspár unokaöccse és egyetlen örököse, Mágocsy András, aki a pácini kastély első tulajdonosa is volt, 1559-1561 között a wittenbergi egyetemen tanult, ahol a kálvini reformáció lelkes hívévé, és nagybátyjával, Gáspárral együtt egyik legbefolyásosabb támogatójává vált. Ennek köszönhetően a magyar vallás- és kultúrtörténet igen fontos momentuma, a Vizsolyi Biblia megszületése is részben a nevükhöz köthető, hiszen 1584-től kezdve a birtokaikon élt a bibliát elsőként magyar nyelvre fordító Károli Gáspár.

Mágocsy András azonban 1586-ban meghalt, az egykori Mágocsy-birtokot pedig feldarabolták, és Pácin több Tokaj-hegyaljai szőlőbirtokkal együtt Alaghy Ferenc, majd Alaghy Menyhért tulajdonába került. Menyhért – jó házassága révén – Magyarország egyik legnagyobb hatalmú főnemesévé vált, és hamar az országos méltóságok közé emelkedett: Bécsben a király főajtónálló-mestere lett, majd a Habsburgokkal szemben Bethlen Gábor erdélyi fejedelem és magyar király oldalára állt, akitől 1622-ben elnyerte a zempléni főispánságot. Néhány évvel később viszont újra hűséget fogadott a bécsi udvarnak, aminek fejében Habsburg Ferdinánd 1625-ben az ország harmadik emberévé, országbíróvá tette.

1631-ben Pácin sorsában újabb jelentős fordulat következett be: Alaghy Menyhért alig 44 évesen, örökösök nélkül távozott az élők sorából, így birtokai, köztük Pácin is visszaszállt II. Ferdinánd királyra. Az uralkodó még abban az évben tovább adományozta a dunántúli Vas vármegyéből származó, és a Habsburgokhoz mindvégig lojális Sennyey család tagjának, Sennyey Sándornak, aki a király tanácsadója és kamarásmestere volt, és késõbb a szatmári kapitányi címet is elnyerte. Pácin ezt követően pedig több, mint 300 éven keresztül, egészen a II. világháború végéig, a szovjet csapatok bevonulásáig a Sennyey család birtoka maradt. A II. világháborút követően sokáig úgy tűnt, a pácini kastély is osztozik majd a hasonló jellegű épületek hányattatott sorsában, és végül az enyészeté lesz, ám 1977 és 1987 között az Országos Műemléki Felügyelőség munkatársainak köszönhetően az épületet helyreállították eredeti, XVI. századi formájában.

Pácin határa napjainkban 3.480 hektár, melyet korábban a karcsai Dózsa Termelőszövetkezettel egyesülve műveltek. 1990 óta pedig magángazdálkodások, társulások művelik a földet.

A község közigazgatásilag 1919-ig Nagykövesdhez tartozott. Ezután hol a karcsai tanáccsal egyesülve, hol önállóan igazgatták. Az elöljáróság évtizedes harcának eredményeképpen 1989. január 1. óta visszaszerezte önállóságát .

Hosszú harc és Barati Atila polgármester éhségsztrájkja után 1995 márciusában nyitották meg a szlovák-magyar határátkelőt.

2013 február 1-től Pácin és Bodroghalom közös önkormányzati hivatala szolgálja ki a két település lakosságát és önkormányzatait.